分子系統学

last update: 2006/11/04

系統樹用語

期待系統樹 (expected tree) と実現系統樹 (realized tree)

realized tree は、系統樹の枝の長さが突然変異の個数に比例するもの。 言い換えれば、実際に実現した突然変異の個数に比例するもの。 expected tree は、系統樹の枝の長さが進化時間に比例するもの。 言い換えれば、経過した時間のうちに期待される突然変異の個数に比例するもの。

OTU (Operational Taxonomic Unit : 系統樹の端点の種類のこと) が 種 (species) である場合は、系統樹は expected tree になる。 というのも、種の場合は多数の遺伝子が関わるため、枝の長さは常に 進化時間に比例していなければならないからである。

OTU が遺伝子である場合は、expected tree であることも realized tree であることもある。

情報源

[本] 斎藤成也 (2007) 「SCG ライブラリ 53 ゲノム進化を考える」 サイエンス社

[論文] Sudhir Kumar, Sudhindra R. Gadagkar (2000) Efficiency of the Neighbor-Joining Method in Reconstructing Deep and Shallow Evolutionary Relationships in Large Phylogenies, J. Molecular Evolution, 51, 544-553, doi:10.1007/s002390010118